在取得成绩的情况下，也存在一些不足，我们分析至少有以下几个方面：
1、测量设备较多，而干预指导的设备较少。
健康小屋内配置的设备，大多侧重在“测”和“量”上，如有的社区医疗机构血压检测、心血功能检测、血糖监测、骨密度测量、身高体重检测、人体脂肪含量检测等数种体检仪器琳琅满目，而如何结合慢性病防治，提倡健康的生活方式，干预指导的设备却较少，严然成为了“体检小屋”。
2、项目帮助参与较多，群众自助项目不够。
健康小屋内的身高仪、体重仪、血压仪、肺功能仪、心血管检测仪、骨密度检测仪、心电图、血糖监测仪等等，大多要在医务人员指导和帮助下才能进行，有的操作程序繁琐复杂，群众自己参与、自己教育自己，自我管理的项目不多。
3、工作量增大，社区医务人员忙于事务性工作。
由于健康小屋内的设备基本都是些高科技产品，平时需要保养和维护，有些操作也不易，需要耐心解释和示范，有的还需要手把手的教。社区工作人员更忙了。由于社区人员本身就比较少，有的甚至是严重缺编，结果就出现了个别社区医疗机构在应付上级检查，开展大型活动时才使用健康小屋的现象。
